Questo nobil borgo con altri luoghi di Lombardia furono rovinati, e posti a sacco dalla tirannide de Oltramontani, e perciò tutto andò in rovina; poscia s’ha di certo per scritture autentiche dell’anno 1270 e del 1297, che la Città di Novara si reggea, e dominava con reale libertà, nel qual tempo tutta la valle Intrasca era governata dal predominio della Città di Novara, sotto la di cui Signoria fu riedificato il detto borgo con grande accrescimento, e per farlo più popoloso, i Novaresi comandarono ad una parte degli uomini delle Terre di detta Valle Intrasca, che si trasferissero ad abitare in detto Borgo, il quale prima in altra riformata fondazione, dopo la Nascita di Cristo Signor Nostro, e dopo la morte del Grande Arcivescovo S. Ambrogio era chiamato il Borgo di S. Ambrogio, fabbricato nuovamente all’ora da’ Romani, vedendosi anch’oggi le vestigia, e fondamenti di quell’antico Castello.
Nella nuova edificazione già detta di sopra, ed accrescimento di case, non fu più chiamato Borgo S. Ambrogio, ma Intra, per esser fabbricato nel mezzo di que’ due nobili fiumi, benché altri vogliano che così fosse denominato, perche quindi s’entra nella Valle Intrasca come suo necessario passaggio.
Ma ritornando agli ecclesiastici questi vivevano prima collegialmente, cioè il proposto, e sei Canonici, che quasi regolari contenti d’una sola mensa, e di vestiario comune, intenti solo al servizio di Dio, ed alla salute sì propria, come a quella dell’Anime a loro commesse, godevano la Pace, non d’Ottaviano, ma di Dio.
Nel 1237, come a’ tempi di Mosè nel Deserto, convien dire, che il Padre delle discordie subornasse alcuno di que’ buoni canonici, ed ecco seguita la divisione delle prebende, e de’ redditi fra di loro, come appare da publico instromento, rogato dal notaro Bonfante di Uncio.