La prima notizia della chiesa è nel resoconto della Visita del Parroco di Angera Stefano Colonna nel 1565, che descrive brevemente l’oratorio di patronato della famiglia Avogadro di Angera. Le origini sono sicuramente molto più antiche, attribuibili probabilmente ai sec. X-XI. All’epoca di Carlo Borromeo l’Oratorio è comunque in pessime condizioni ed inizia una lunga questione con la famiglia Avogadro accusata di non adempiere agli obblighi derivanti dal loro patronato sulla Cappellania.
Con la costruzione all’inizio del 1600 della Chiesa di S. Giovanni Battista in Cheglio, più comoda per gli abitanti, l’Oratorio fu abbandonato e i suoi beni trasferiti alla nuova chiesa. Dopo diversi passaggi di proprietà, si trova ora all’interno di una proprietà privata non facilmente visitabile e utilizzata come deposito.
La chiesetta meriterebbe una maggior considerazione: la struttura esterna è ancora in discrete condizioni, ed all’interno vi sono pochi resti di affreschi.